由于相关规定对高新技术企业在诸多方面均设置了严格的条件，为享受高新技术企业的税收优惠，有的企业在申报过程中采取了一些变通的做法，甚至提供了部分不实资料，造成了企业享受减免税条件发生了实质性的变化，形成了高新技术企业认定标准的瑕疵。随着高新资格检查的力度增强，在频繁的检查以及后续税收管理过程中，不符合条件的企业将面临很大的高新资格被撤销的风险。高新技术企业资质瑕疵，终将导致已享税收优惠尽失。如果企业的高新资格被撤销，以前年度享受的税收优惠都会被税务机关如数追回，高新企业未通过复审除补缴税款外，还需加收滞纳金并处以罚款

是否拥有高新技术企业所带来的税收优惠，对企业的经营业绩影响可谓重大。近期，科技部、财政部、国家税务总局联合下发了《关于高新技术企业认定管理工作重点检查有关情况及处理意见的通知》。该文件对申报中弄虚作假的企业，取消其高新技术企业资格并追缴税款。对已不符合条件或条件发生变化不具备高新技术企业资格的企业，取消其高新技术企业资格。

1 新技术产品收入比例未达标准，补缴企业所得税款加收滞纳金。

2 研发人员占公司员工比例未达标准，因税率差补缴企业所得税。

3 研发费用占总收入占比低于3%，取消享受企业所得税优惠。

4 发明专利与主要产品核心技术不直接相关，需补缴税款。

5 未通过高新技术企业复审，补缴预缴税款。

6 因环保事件被取消高新技术企业认定，需补缴税款

7 不符合高新技术企业税收优惠条件，补缴税款。

8 高新企业资质存疑，或被追缴巨额税款。

9 高新资质复审未批，遭质疑。

10 备案申请未予免税备案