解析：新高新技术企业认定政策出台后，部分科技企业申报该资质失败，安徽卧涛高新技术企业代理机构导师详细调研后，得出以下原因：

1、部分企业研发项目研发内容过于简单、技术水平层次过低、不属于重点支持技术领域，被专家判定不属于研发项目而剔除。

2、在研究开发活动模块，部分企业申报书中研发项目表中表述欠规范。立项目的应表述：设立研发项目的产业技术发展背景、拟解决技术问题和瓶颈、拟实现技术目标；组织方式应表述：项目是通过自主独立研发或者合作研发某项技术，解决哪些关键技术问题；核心技术应该表述：通过项目研发后，掌握的技术方法、技术成果；创新点应表述：研发获得的技术（产品）具体量化性能指标；阶段性成果重点表述三个问题：研发获得什么功能性产品（或技术）、取得哪些专利、代表性客户、市场占有率。

3、知识产权核心技术先进性说明仅阐述专利技术原理，未对该专利技术与同类、同行业相关技术进行比较，未对专利技术的效果作用进行说明，因此获得评分较低。

4、部分企业申报书中项目均为产品产业化项目，按照这类研发项目周期规律，前期研发投入小，后期产业化投入大，但是申报书中大部分项目均是当年研发投入比例大，专家对此研发费用归集的合理性存疑。

5、部分工业制造类企业的研发费中，人员人工占研发费用总额的比例过高，超过百分之六十，费用绝对额大。专家认为非软件类企业人员人工费比例过高，研发费用归集不合理。

6、部分企业项目研发实施周期与研发费用投入周期错配。例如某项目研发周期是2014-2015年，但是2013-2015年均有大量的研发投入，导致该项目研发费用被专家否决剔除。

7、部分企业上传审计报告不被采信。经过专家网络报备系统查询，审计报告披露的收入、总资产信息与报备信息与不相符，最终不被专家采信。

8、在研发活动模块、成果转化模块上传附件方面，部分申报企业名称上传不清晰、次序混乱、重要信息模糊。集成成为一个附件的上传的，纵向和横向页面布局交错。甚至部分企业没有上传附件，比如附件压缩要求8M，很多企业就随便放两个文件糊弄过去，结果因材料不全被退